A História da Estônia como país é recente; antes fora domínio de outros países como Dinamarca, Suécia e Rússia. Até o século XIII, a Estônia não era nada mais do que tribos semi-organizadas, que sofreram com a cristianização no inicio desse mesmo século. Após isso, passou, sucessivamente, ao domínio de dinamarqueses, ordens católicas, suecos, alemães e russos, até, no século XX, obter sua independência; ainda assim, foi posteriormente, subjugada pelos soviéticos e apenas retomou sua independência em 1992. A história estoniana é a de um povo que teve seu território dominado por séculos, mas que aos poucos foi criando, após muita luta, um sentimento nacionalista.
A ocupação humana na Estônia remete-se a 11000 anos atrás, data da primeira colônia, a colônia de Pulli. Ainda existem muitas dúvidas sobre de qual etnia era esse povo. Sabe-se no entanto, que aí se estabeleceram os primeiros povos sedentários da Europa, atravessando o golfo da Finlândia quando este estava a degelar-se,o que parece indicar que os estonianos fazem parte do grupo dos povos fínicos.
Achados arqueológicos de equipamentos de pesca e caça, caracterizaram-na como comunidade sedentária, datada de 6500a.C. Na Idade do Bronze e do Ferro, observou-se a consolidação do sedentarismo, com a transição para o cultivo de alimentos, acompanhado de grande desenvolvimento cultural e econômico,.
Com o crescimento da população em anos seguintes, surgiram as disputas de território com outros povos, como as tribos Bálticas do sul e as guerras contra a Escandinávia.