A Copa Intertoto 2007 foi a 13ª edição da Copa Intertoto da UEFA.
1ª Rodada
- 1- Estes clubes foram apurados devido às desistências da Escócia e da Noruega, respectivamente.
- 2- Desempate por golos fora.
- 3- Penaltis: 1-3.
2ª Rodada
- 1- Desempate por golos fora.
- 2- Jogo da 1ª mão interrompido ao intervalo, com FK Vėtra a ganhar por 2-0, devido a distúrbios do Legia Varsóvia. O jogo não prosseguiu. A UEFA decidiu que o Legia Varsóvia seria expulso da competição e foi atribuída uma vitória de 3-0 ao FK Vėtra na 1ª mão. FK Vėtra avança à 3ª rodada.
- 3- Penaltis: 3-0.
- 4- Penaltis: 3-2.
3ª Rodada
- 1- Após prolongamento na partida da 2ª mão.
- 2- Desempate por golos fora.
Os vencedores transitam à 2ª pré-eliminatória da Taça UEFA 2007/08.